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【東京】年末調整は税理士に依頼すべき?費用相場・失敗しない選び方と代行のメリットを解説

【東京】年末調整は税理士に依頼すべき?費用相場・失敗しない選び方と代行のメリットを解説

11月から1月にかけての年末調整は、経理・人事担当者にとって1年で最も負担が重い業務です。
全従業員の書類をチェックし、税額を計算し、不備があれば差し戻す作業が通常業務と重なります。

結論から言うと、年末調整は税理士に依頼できます。
費用の目安は「基本料金1万〜2.5万円+従業員1人あたり1,500〜3,000円」で、従業員10名なら3万円前後からです。

2026年(令和8年)分は基礎控除や扶養の所得要件が改正され、例年より判断が難しくなります。
この記事では、税理士に任せられる範囲と費用相場を中心に、社労士との違いや今年の変更点まで解説します。

東京で信頼できる税理士をお探しであれば、東京の齋藤久誠公認会計士・税理士事務所へご相談ください。

目次

1. 年末調整は税理士にどこまで依頼できる?代行の範囲

税理士には、申告書の確認から税額計算、税務署・市区町村への提出まで一括で依頼できます。
会社側に残るのは、従業員への配布・回収と過不足額の給与への反映が中心です。

作業税理士に依頼できること会社側で行うこと
申告書の配布・回収記入方法の案内、クラウドソフトの設定支援従業員への配布・回収、提出の催促
書類のチェック控除の要件判定、添付証明書の確認、不備の洗い出し不備があった従業員への差し戻し
税額計算年税額と過不足額の計算、源泉徴収簿の作成給与・賞与データの提供
精算精算額の一覧の作成12月または1月の給与で還付・徴収する
提出源泉徴収票・法定調書合計表・給与支払報告書の作成と電子提出従業員への源泉徴収票の交付

どこまで任せるかで費用が変わるため、見積もりの前に範囲を決めておきましょう。

2. 年末調整を税理士に依頼すべき? 自社対応との違いと代行のメリット

社内で処理を続けるか、税理士に依頼するかで迷う会社は少なくありません。
まずは自社対応で生じる負担と、依頼して得られるメリットを整理します。

年末調整が社内負担になりやすい3つの理由

年末調整が社内の負担になる理由は、次の3つです。

  1. 毎年のように変わる税制への対応
    2026年分も基礎控除や扶養の所得要件が改正されました。
    担当者が毎年ルールを学び直すだけでも、相当な時間がかかります。
  2. 繁忙期(11月〜1月)への業務集中
    冬の賞与計算や月次決算、年明けの予算策定と時期が重なります。
    担当者の残業が増え、現場が疲弊する原因になります。
  3. 書類回収と差し戻しのやり取り
    控除証明書の添付漏れや未提出者への催促には、多くの時間がかかります。
    差し戻しが続くと、作業全体が大きく遅れます。

税理士に年末調整を代行する3つのメリット

税理士に依頼すると、自社対応にはない次の効果が得られます。

  1. 控除漏れ・計算ミスを防げる
    税理士は最新の税法に基づいて要件を判定し、税額を計算します。
    年明けに年末調整をやり直す(再年調)といった二度手間のリスクを減らせます。
  2. 担当者が本来の業務に集中できる
    書類チェックや入力作業を外に出せば、バックオフィスの残業を減らせます。
    浮いた時間を採用や組織づくりなどに充てられます。
  3. 税務署・市区町村への提出まで任せられる
    法定調書合計表や給与支払報告書は、どちらも翌年1月31日が提出期限です。
    根拠のはっきりした処理を残せるため、将来の税務調査にも落ち着いて対応できます。
    調査への備えを重視するなら税務調査に強い税理士の選び方も参考にしてください。

【比較表】自社(社内)対応 vs 税理士代行のメリット・デメリット

自社で対応する場合と税理士に依頼する場合の違いを、一覧表で比較します。

比較項目自社対応(社内処理)税理士への代行(アウトソーシング)
業務負担11月〜1月に集中し、残業が増えやすい自社側の作業は配布・回収と精算が中心
正確性・リスク法改正の解釈ミスや計算漏れが起きやすい専門家のチェックでミスや漏れを防ぎやすい
税法アップデート毎年、自社で法改正を調べる必要がある税理士が改正内容を踏まえて処理する
税務署・自治体対応提出書類の作成・提出まで自社で行う法定調書合計表や給与支払報告書の提出まで一括対応
コスト社員の残業代・教育コストなどの「見えない人件費」委託費用(基本料金+人数分)がかかる

3. 年末調整を税理士に頼む場合の費用相場と料金の仕組み

年末調整の代行費用は「基本料金+従業員1人あたりの料金」で決まるのが一般的です。
顧問契約の有無や依頼する範囲によっても変わります。

年末調整代行の費用相場(基本料金+従業員1人あたりの従量課金)

公開されている相場をまとめると、目安は次のとおりです(2026年10月時点)。

項目費用の目安
基本料金1万円〜2万5,000円
従業員1人あたり1,500円〜3,000円
従業員10名前後2万5,000円〜3万5,000円
従業員30名前後5万5,000円〜7万5,000円
年明けの特急依頼おおむね2万〜3万円の加算
出典:アイミツ「年末調整代行の費用相場」(2026年8月更新)

弥生株式会社は、顧問契約なしで従業員20名なら9万〜10万円を目安としています。
顧問税理士に頼む場合は、その半額程度が目安です(弥生「年末調整を税理士に代行してもらう費用相場」)。
このように事務所や契約形態で幅があるため、必ず複数の見積もりを比べてください。

費用が変動する主な要因とオプション業務

基本料金とは別に、依頼する範囲によって追加費用がかかる場合があります。
どこまで任せるかを事前に整理しておきましょう。

  • 法定調書合計表の作成・提出
    年末調整の集計結果をもとに作成し、税務署へ提出する作業です。
    オプション扱いにしている事務所もあります。
  • 給与支払報告書の提出
    従業員が住む市区町村ごとに提出する手続きです。
    提出先の数や人数に応じて加算されることがあります。
  • 中途入社者の前職分の確認
    前職の源泉徴収票を取り込んで合算するため、個別料金が設定されることがあります。
  • クラウド人事労務ソフトの運用
    SmartHRやfreee、マネーフォワードなどで回収から連携まで行う場合、操作の代行費が含まれることがあります。

顧問契約なし(スポット依頼)でも税理士に依頼できる?

顧問契約がなくても、年末調整だけをスポットで依頼することは可能です。
ただし顧問先向けの料金が適用されないため、割高になる傾向があります。

11月以降は税理士側の受け入れ枠が埋まり、断られることも少なくありません。
スポットで検討するなら、遅くとも10月中には相談を始めましょう。

給与計算や節税の相談も含めて任せたい場合は、顧問契約のほうが割安になることもあります。
顧問契約を結ぶ税理士の選び方は失敗しない顧問税理士の選び方5選で解説しています。

4. 社労士・代行会社との違い|年末調整を頼めるのは税理士だけ?

年末調整の税額計算まで任せるなら、依頼先は税理士です。
社労士や代行会社に頼めるのは、税務判断を伴わない事務作業までと考えておきましょう。

日本税理士会連合会と全国社会保険労務士会連合会の間では、年末調整のうち税務判断を必要とする事務は税理士業務にあたると確認されています。
税理士でない者が行うと、税理士法第52条(税理士業務の制限)に抵触するおそれがあります。

依頼先主に任せられること注意点
税理士控除の判定、税額計算、法定調書・給与支払報告書の作成と提出まで料金は事務所ごとに差が大きい
社労士給与計算、社会保険の手続き税額計算などの税務判断は任せられない
代行会社書類の配布・回収、データ入力などの事務作業税務判断は提携税理士が行う体制か確認する

給与計算は社労士、年末調整は税理士と分ける場合は、両者でデータを共有できる体制を整えておくと安心です。

5. 2026年(令和8年)分の年末調整の主な変更点

2026年分は、令和8年度税制改正で基礎控除・給与所得控除・扶養の所得要件が変わりました。
月々の源泉徴収はこれまでどおりで、12月の年末調整で改正後の金額により精算します。

項目改正前(2025年分)改正後(2026年分)
基礎控除本来の額58万円(所得に応じた上乗せあり)本来の額62万円。合計所得489万円以下は104万円、489万円超655万円以下は67万円
給与所得控除の最低保障額65万円74万円
扶養親族・同一生計配偶者の所得要件合計所得58万円以下合計所得62万円以下(給与のみなら年収136万円以下)
特定親族特別控除の対象合計所得58万円超123万円以下合計所得62万円超123万円以下
出典:国税庁「令和8年度税制改正による所得税の基礎控除の引上げ等について」、弥生「2026年分の年末調整の変更点」(2026年10月時点)

扶養の範囲が広がるため、新たに要件を満たす親族がいる従業員は申告書の提出が必要です。
なお、2024年分で行われた定額減税は2026年分の年末調整にはありません。

改正のある年は控除の判定ミスが起きやすいため、税理士に確認してもらう価値が高い年といえます。

6. 【東京エリア】年末調整に強い税理士を選ぶ5つの比較ポイント

東京には数多くの税理士事務所があります。
自社に合う依頼先を見つけるために、次の5つを比べてください。

  • クラウドソフトへの対応力
  • 社労士との連携体制
  • レスポンスの早さ
  • 公認会計士・税理士の視点
  • オンラインと対面の使い分け

① クラウド会計・人事労務ソフトに精通しているか

紙の申告書を配って回収し、手入力する運用は、記入漏れや回収の遅れを招きます。
SmartHRやfreee人事労務、マネーフォワード クラウド給与などに対応している税理士を選びましょう。

従業員はスマートフォンやPCから入力するだけで済み、回収からデータ反映までが速くなります。
電子申告(e-Tax・eLTAX)との連携もスムーズです。

② 税理士と社労士の連携体制(ワンストップ対応)があるか

年末調整は税務の領域ですが、元になる給与データや社会保険料は労務の領域です。
社労士と連携している事務所なら、社会保険料の共有漏れや給与計算とのデータの食い違いを防げます。

③ レスポンスの早さと丁寧なコミュニケーション

繁忙期は、書類の確認や従業員からの質問で疑問が次々に出てきます。
返信が遅い税理士では、社内の作業が止まってしまいます。

メールだけでなく、SlackやChatwork、LINE WORKSなどのチャットに対応しているかも確認しましょう。

④ 公認会計士・税理士双方の視点を持った高度なアドバイス力

計算を代行するだけでなく、経営の相談相手になってくれるかも重要です。
公認会計士の視点があれば、人件費の推移や財務全体のバランスまで踏まえた助言が期待できます。

⑤ オンライン対応と対面訪問のバランス(東京近郊での柔軟な対応)

日々のやり取りはWeb会議でスピーディーに進め、重要な相談は対面で行えると理想的です。
東京近郊の事務所なら、必要なときに直接会って相談しやすくなります。

税理士全般の選び方は東京で失敗しない税理士の選び方7選でも詳しく解説しています。

7. 年末調整を税理士へ依頼する際の流れと事前準備

全体の流れを把握しておけば、準備をスムーズに進められます。
依頼から完了までのスケジュールと、会社側で用意する書類を解説します。

問い合わせから完了までのスケジュール感(10月〜1月)

税理士に依頼する場合の一般的なスケジュールは次のとおりです。

時期会社がやること税理士がやること
10月〜11月上旬相談・契約、対象人数の確認見積もり、提出方法(紙・クラウド)の決定
11月中旬〜12月上旬申告書の配布、控除証明書の回収記入方法の案内、回収状況の確認
12月中旬〜下旬給与・賞与データの提供書類チェック、年税額と過不足額の計算
12月〜1月の給与過不足額の還付・徴収精算額の一覧を提供
1月31日まで源泉徴収票の交付法定調書合計表と給与支払報告書の作成・提出

繁忙期に入ると受託が難しくなるため、10月中に相談を済ませておくのが理想です。

会社側で事前に準備しておくべき書類・データ

税理士にスムーズに引き継ぐため、次の書類・データを用意しておきましょう。

  • 1年間の給与台帳・賞与明細(1月〜12月分)
    全従業員の支給額、社会保険料、源泉徴収税額が分かるデータ
  • 従業員から回収した申告書と添付証明書
    • 扶養控除等(異動)申告書
    • 基礎控除申告書・配偶者控除等申告書・特定親族特別控除申告書・所得金額調整控除申告書(1枚の様式)
    • 保険料控除申告書(生命保険料・地震保険料・社会保険料の証明書)
    • 住宅借入金等特別控除申告書(住宅ローン控除を受ける人)
  • 中途入社者の前職の源泉徴収票
    前職での給与と社会保険料を合算するために必要です
  • マイナンバー情報
    新しく入社した従業員などは、安全な方法で共有します

8. 【東京】年末調整・税務のご相談なら「齋藤久誠公認会計士・税理士事務所」へ

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9. 年末調整の税理士依頼に関するよくある質問

Q. 個人事業主でも年末調整を税理士に依頼できますか?

依頼できます。
従業員を雇っている個人事業主は年末調整が必要なため、法人と同じように代行を頼めます。

Q. いつまでに税理士へ相談すればいいですか?

10月中が目安です。
11月以降は受け入れ枠が埋まりやすく、年明けの依頼は特急料金がかかることもあります。

Q. 年末調整の後に間違いが見つかったらどうなりますか?

翌年1月末までなら、会社で年末調整をやり直せます(再年調)。
それを過ぎた場合は、従業員本人が確定申告で正しい税額に直します。

Q. 年末調整の対象にならない従業員はいますか?

その年の給与収入が2,000万円を超える人などは、年末調整の対象外で、本人が確定申告を行います。
確定申告を税理士に頼む費用は東京都の確定申告を税理士に依頼する費用相場で解説しています。

10. まとめ:年末調整をプロに任せて本業・コア業務へ集中しよう

年末調整を税理士に任せることは、社内の時間を本業に振り向けるための投資です。
押さえておきたいポイントは次のとおりです。

  • 税理士には、書類チェックから税額計算、法定調書の提出まで任せられる
  • 費用の目安は基本料金1万〜2.5万円+1人あたり1,500〜3,000円
  • 税額計算まで任せるなら、依頼先は税理士
  • 2026年分は基礎控除と扶養の所得要件が変わるため、特に確認が大切
  • 依頼するなら10月中に相談を始める

繁忙期を迎える前に準備を整えましょう。
年末調整や税務の進め方でお悩みの際は、東京の齋藤久誠公認会計士・税理士事務所へお気軽にご相談ください。

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